Le nom du Panama est issu d'origines diverses:

•  La première provient de fruits comestibles poussant sur un arbre que l'on appelait «Panama».

•  Les indiens Kunas, quant à eux, affirment que «PA NA MA» signifie « loin d'ici » dans leur propre langue. Cela correspondrait à la réponse qu'ils donnaient aux conquistadors espagnols en quête d'or.

• Une autre version est que Panama signifie en langue indigène «abondance de poissons».

L'Isthme de Panama a été découvert par l'explorateur espagnol Don Rodrigo de Bastidas en l'an 1501 qui était accompagné par Vasco Nuñez de Balboa. Un an plus tard, en 1502, Christophe Colomb visita l'Isthme durant son quatrième et dernier voyage. Avant l'arrivée des espagnols, environs 80 tribus indigènes vivaient sur le sol panaméen.